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SuperArray Real-Time PCR 芯片——一次实验可准确定量检测上百个基因的mRNA水平

来源:检验医学专题网    加入日期:2007-12-05

SuperArray公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于SuperArray公司开发的cDNAOligo基因芯片(第一代功能分类基因芯片),结合了Real-Time PCR和第一代功能分类基因芯片的优点,可在一次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。SuperArray在设计芯片时,综合了文献资料,数据库信息,专家意见和用户反馈,通过整合预测信息和实验数据,帮助研究者系统地有针对性地开展研究。使研究者无需耗费大量人力物力设计挑选基因,节省宝贵的时间和精力。此外,SuperArray公司的Real-Time PCR芯片,通过几千次试验优化了PCR引物和SYBR Green反应体系,为PCR芯片的高质量提供了保证。

 

 

灵敏度高

在仅用5ugRNA时,可获得85%的阳性信号

线性范围广

至少105次方

特异性强

引物扩增出单一的,靶基因特异的产物

重复性佳

同一实验室重复实验,比较原始Ct值的相关系数(R)≥0.99

不同实验室重复实验,比较基因表达倍数的相关系数(R)≥0.97

Ct的平均标准差为0.25

 

Real-Time芯片的引物特点:

特异性:通过BLAST等比对方法,检测确认引物在相应物种(人,小鼠或大鼠)全基因组中的高度特异性,有效避免非特异性产物产生。并通过实验证明引物不会扩增E.coli基因组中,后者是Taq DNA多聚酶的常见污染源。

均一性:所使用的引物的CG值,解链温度(Tm),以及其他一些化学的和物理的特性都相似,以保证在相同的PCR条件(尤其是退火温度)下,不同的基因都能扩增出特异性产物。

扩增效率:引物扩增的片段大小均在100200bp左右,确保在相同的反应时间内,不同的基因均能扩增出完整片段;并增强3-引物的铆定能力,减少引物二聚体和非特异性退火的产生。

 

Real-Time PCR芯片的PCR反应体系特点:

热启动Taq:独特的经过化学修饰的热启动Taq酶,特异性高。能避免引物二聚体等的产生,还能使在较低温度下发生的非特异性引物结合无法进一步扩增。

优化的反应体系SuperArray Real-Time PCR芯片的反应体系,最大限度减少引物二聚体的形成,并能保证最难扩增的片段都得到很高的扩增效率。

 

Real-Time PCR 芯片的特点

灵敏度高和线性范围广—— 起始总RNA最低只需5ng,最高可达5ug,线性范围达到105

文本框: 总RNA梯度稀释作为模板。结果表明,总RNA范围在5ng到5ug时,阳性信号比率(Ct<35的基因所占比率)均超过85%。推荐的起始总RNA量为0.5-1.0ug,以获得尽可能多的阳性信号。

文本框:  

重复性佳 ——不同研究者,不同时间,使用不同仪器,对同一标本多次实验获的均能获得一致的结果

 

文本框: 两位独立的研究者使用相同的RNA样品,相同的PCR芯片进行实验,分别重复4次。试验结果两两比较,原始Ct值拟合直线斜率符合预期值1.0,相关系数大于0.99。
 

 

特异性强 —— PCR芯片可区分同一样品中同一基因家族的不同基因

 

 

 

 

 

 

文本框: 在PCR芯片实验后,检测每个基因的熔解曲线,并进行相应的凝胶电泳检测。如左图所示,熔解曲线均只有一个峰,电泳条带单一,并且条带大小与预期值一致。

 

 

 

 

 

 

 

 

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